Farmen i tarmen

Del 2

Kan vi påvirke mikrofloraen i tarmen som et ledd i behandling av sykdommer?

Mikrofloraen (også kalt mikrobiota eller bakterieflora), er et stort økosystem av mikroorganismer, bl.a. bakterier, som lever på og i kroppen vår. Mesteparten av disse bakteriene finnes i tarmen. En tarm-mikroflora som er assosiert med sykdom blir gjerne omtalt som «dysregulert», «ubalansert», eller at det er en dysbiose. Med dette mener man som regel at mengden «ufordelaktige» bakterier er overrepresentert og at man finner en lav bakteriediversitet/lavt mangfold av «fordelaktige» bakterier. Overforbruk av antibiotika er også knyttet til utviklingen av sykdommer som er assosiert med ubalanse i mikrobiota der enkelte «ufordelaktige» bakterier som koloniserer tarmen i etterkant av antibiotikakuren kan føre til alvorlige og potensielt dødelige infeksjoner (1). Dette henger sammen med at antibiotika ikke bare fjerner ufordelaktige bakterier men også fjerner «fordelaktige» bakterier som normalt utgjør en fysisk og immunologisk barriere mot disse «ufordelaktige» bakteriene (2).

Fordi dysregulert mikrobiota ikke bare henger sammen med tarmsykdommer men også med sykdommer i andre organer (Se «Farmen i tarmen – del 1»)(3) ser man et økende potensiale for å behandle sykdommer via behandling eller manipulering av mikroflora.

Denne artikkelen gir en innføring i tre hovedmetoder som brukes i klinikken i forsøk på å restaurere mikroflora: prebiotika, probiotika og fekal transplantasjon.

Prebiotika

Kort forklart er prebiotika mat (eller bestanddeler i mat) som selektivt gir gode vekstvilkår og øker aktiviteten for de «fordelaktige» tarmbakteriene (av typen ‘autochthonous’), slik at disse vinner terreng og skaper en god helse i tarmen (4). Mat som har prebiotiske egenskaper er blant annet fiberholdig mat som frukt, grønnsaker, bær, kornprodukter og nøtter.

Det finnes flere studier som viser at omlegging av kosthold fra å inneholde hovedsakelig enkle karbohydrater til å inneholde mer komplekse karbohydrater (=mikrobiotatilgjengelige/fermenterbare karbohydrater) kan føre til en mer fordelaktig mikroflora (5). Tilpasninger i mikrofloraen til slik kostomlegging har vist seg å være ganske rask. En klinisk studie som undersøkte effektene av å bytte kostholdet mellom en Afrikansk populasjon (mye fiber, lite kjøtt) og en Afro-amerikansk populasjon (lite fiber, mye kjøtt) fant at etter bare to uker hadde man påvirket sammensetningen av mikrofloraen (Figur 1). Det var tilstedeværelse av flere «fordelaktige» bakterier hos populasjonen som inntok «afrikansk kosthold», blant annet med større produksjon av butyrat, en kortkjedet fettsyre som har gunstige helseeffekter. Samtidig ble mengden «ufordelaktige»/betennelsespromoterende bakterier redusert og mengden av kreftrelaterte biomarkører redusert (6). En annen kostintervensjon på 3 uker med varierende innhold av mikrobiotatilgjengelige karbohydrater viste en tilsvarende endring i individuell mikrobiell tilpasning bare i løpet av et par dager (5). Studier på overvektige individer har også vist at endring i kosthold med målsetning om vektreduksjon via både lav-fett og lav-karbohydrat diett fører til endringer i mikroflora (7, 8).

Figur 1: Ved å bytte kostholdet til å inneholde mye fiber/ lite kjøtt fikk afro-amerikanere flere «gode» bakterier og færre «dårlige» bakterier. Samtidig ble mengden «ufordelaktige»/betennelsespromoterende bakterier og kreftrelaterte biomarkører redusert. Afrikanere som byttet til lite fiber/mye kjøtt fikk motsatt effekt.

Selv om det kan synes som man raskt kan påvirke de relative mengdene av bakterietypene som allerede er etablert i tarmen ved å påvirke kostholdet, er det usikkert om man kan etablere nye bakteriestammer slik at diversiteten øker. En studie i mus har også vist at et fiberfattig kosthold over generasjoner kan føre til at visse bakterietyper mistes for godt (9). Effekt av kostintervensjoner viser seg også å gi svært variabelt resultat både når det gjelder effekter på diversiteten og det relative forholdet i antallet av de ulike bakterietypene. Hos noen individer hadde kostendringene bare en minimal påvirkning på mikroflora. Det er mulig at dette skyldes at potensialet til å endre mikrofloraen kan være begrenset til å gjelde den relative mengden av bakteriene som allerede er etablert i tarmen (5). I slike tilfeller kan man tenke seg at det kan ta svært lang tid, kanskje årevis, å få til en økning i mikrobiotadiversitet ved kun å bruke kostholdsomlegging som strategi (5).

Probiotika

Probiotika er definert som «levende organismer som kan medføre en helsegevinst for vertsindividet hvis de blir administrert i adekvate mengder» (10). Selv om probiotika i prinsippet omfatter alle bakterietyper med antatt helseeffekt er det vanligvis snakk om bakterier av typen Lactobacilli og Bifidobacteria. Antall probiotiske bakterier i vanlige matvarer, som yoghurt og andre syrnede melkeprodukter, varierer fra 10 til 100 millioner bakterier per ml (11). Slike matvarer har tradisjonelt blitt brukt mot fordøyelsesplager. Det finnes også et enormt antall kommersielt tilgjengelige probiotika-produkter i pilleform som enten består av en kombinasjon av flere typer bakterier eller kun enkelte bakterietyper. Slike produkter har vært i salg i flere tiår. Likevel finnes det svært lite data når det gjelder sikkerhet av probiotikabruk (12). Når det gjelder effekt på fordøyelsessykdommer er heller ikke den vitenskapelige evidensen overbevisende, til tross for at det er utført en rekke kliniske studier. Dette er grundig gjennomgått av Keren Hod (13) som viser til problematikk omkring små pasientutvalg, kort varighet, stor variasjon i primære endepunkter og mangel på klinisk relevans. Det største problemet med forskningslitteraturen er imidlertid mangel på vitenskapelig grunnlag i utvelgelsen av bakteriestammer som prøves ut. Dette bunner igjen i den store mangelen på kunnskap om hvilke bakterier som er «fordelaktige» og hvilke som er «ufordelaktige». Det finnes eksempler på bakterier hvor både lavt antall og høyt antall kan ha uheldige konsekvenser. Bakterien Faecalibacterium prausnitzi som hører til Firmicutes, fungerer slik for pasienter med inflammatoriske tarmsykdommer/Inflammatory bowel disease (IBD) . Innenfor samme bakterieart kan man også finne ulike varianter der noen er «ufordelaktige» mens andre er «fordelaktige» (14).

Foreløpig støttes ikke klinisk bruk av probiotika for behandling av Morbus Chrons sykdom (15) eller forebygging av sykdommen etter operasjon (16). Flere mindre studier har imidlertid vist lovende effekter av probiotika i behandlingen av Ulcerøs kolitt/»Ulcerative colites» og probiotika har vist seg å være like god til å hindre tilbakefall som eksisterende behandling med det antiinflammatoriske medikamentet 5-ASA (17). De systematiske oversiktene som har oppsummert kunnskapen på dette området har imidlertid konkludert med at det foreløpig ikke er nok evidens til å støtte bruken av probiotika i behandling av sykdommen eller for å opprettholde fravær av symptomer (18, 19) og etterlyser større randomiserte kontrollerte studier (RCT) på området.

Bruk av probiotika har imidlertid vist seg å være vellykket for å forebygge kronisk betennelse (pouchitt) som kan oppstå i det konstruerte «reservoaret» som kan fungere som kunstig endetarm etter en type tarmoperasjon utført i forbindelse med Morbus Crohn, Ulcerøs kolitt og andre IBD-sykdommer. En systematisk kunnskapsoppsummering basert på kliniske studier konkluderer med at probiotika av typen VSL#3, som inneholder 4 lactobacilli-typer, 3 bifidobacteria-typer og en type Streptococcis salvarius, har overbevisende effekt sammenliknet med placebo eller annen standard behandling både for refraktær pouchitt og for forebygging av pouchitt (20). To av studiene rapporterte også om økt livskvalitet i gruppen som fikk probiotika (20).

Noen solide og overbevisende studier viser også gode effekter av probiotikabehandling for «irritabel tarm/irritable bowel syndrome» (IBS) (13). På grunn av manglende behandlingstilbud for sykdommen og den lave helserisikoen som er forbundet med inntak av de tradisjonelle matvarene med probiotika anses dette å kunne inngå som ledd i behandlingen av denne sykdommen (13). Probiotika er også vist å ha overbevisende effekt på både voksne og barn for forebygging av infeksiøs diare og varighet av diaré (21). Laktoseintoleranse er en annen tilstand som er forsøkt behandlet med probiotika. Det er rapportert noen lovende effekter men dette ser ut til å være begrenset til visse typer bakterier, konsentrasjoner og opparbeidingsmetode. Igjen etterlyses det større og bedre studier for å kunne anbefale probiotika i behandlingsøyemed (22).

Videre finnes det flere interessante kliniske studier hvor probiotika er testet for behandling av sykdommer som ikke er definert som tarmsykdommer. Ved å la personer med høyt kolesterol innta en bakteriestamme som kan hydrolysere gallesalt (Lactobacillus reuteri) kunne man vise at kolesterolverdiene ble redusert (23). Probiotika er også vist å være effektivt i behandling av pasienter med kronisk leversvikt for å hindre funksjonssvikt i hjernen (hepatisk encefalopati) (24) ved å redusere ammoniakkopphopning (25). Det finnes imidlertid også tilstander hvor probiotika behandling har ført til forverring eller økt morbiditet som for eksempel ved behandling av kronisk betennelse i bukspyttkjertelen (26).

Til tross for noen lovende effekter av probiotika kjenner man ikke til de eksakte mekanismene for hvordan probiotika kan ha fordelaktig effekt. Noen mulige mekanismer er foreslått: 1) Hindre koloniseringen av mindre fordelaktige bakterier (27), 2) Forbedre den epiteliale barrieren i tarmen, 3) Modulere immunsystemet ved å øke anti-inflammatoriske cytokiner og hemme pro-inflammatoriske cytokiner, 4) virke smertelindrende (28). Det kan også se ut til at man ikke nødvendigvis er avhengig av at bakteriene som tilføres trenger å være levende for å ha effekt på immunsystemet. I en musemodell virket nemlig isolerte proteiner og DNA fra probiotiske bakterier anti-inflammatorisk (29).

Fekal transplantasjon/transplantasjon av tarmbakterier

Fekal transplantasjon går ut på å overføre avføring fra et friskt til et sykt individ for å gjenopprette mikrobiota. I forhold til en probiotikabehandling som fokuserer på tilførsel av enkelte eller få bakterietyper vil en fekal transplantasjon overføre en hel mikroflora. Teknisk sett er metoden enkel. Avføringen fra frisk donor blir løst opp i en passende løsning (for eksempel saltvann) og blir deretter overført til pasienten enten via gastroskopi (via munn, svelg, magesekk til tynntarm) eller via koloskopi (via endetarm til tykktarm) (Figur 2). Ideen om å bruke transplantasjon av avføring for å restaurere en syk tarm er ikke ny. Allerede for 2500 år siden i Kina ble pasienter behandlet for tarmproblemer ved å drikke en såkalt «gul suppe» som bestod av en blanding av avføring og vann (30).

Figur 2: Fekal transplantasjon foregår ved at avføring fra frisk donor blir løst opp i en passende løsning, for eksempel saltvann (A), mikset i en blender og deretter overført til pasienten (B) enten via gastroskopi (via munn, svelg, magesekk til tynntarm) eller via koloskopi (via endetarm til tykktarm). Klystér benyttes også til transplantasjon via endetarm men er begrenset i rekkevidde og når ikke indre deler av tykktarmen.

Den første dokumenterte gjennomføringen av fekal transplantasjon innen nyere medisinsk historie stammer fra 1958. Behandlingen, som kurerte en pasient med dødelig infeksjon av Clostridium.difficile (C.difficile), bestod i å overføre avføring fra frisk donor til den syke pasienten. Oppblomstring og patogenese av C.difficile kan inntreffe etter langvarig antibiotikabehandling. I Norge ble de første forsøkene med fekal transplantasjon for denne tilstanden gjort på 1980–90-tallet (31). I nyere tid er hundrevis av pasienter med samme sykdom behandlet med fekal transplantasjon (32, 33). Suksessraten er høy (94 %) sammenliknet med standard antibiotikabehandling (31 %) og det ser ikke ut til at behandlingen har noen særlige bivirkninger (33).

Det er også gjort forsøk på å behandle IBD med fekal transplantasjon. IBD-pasienter, som inkluderer pasienter med Morbus Crohn og Ulcerøs kolitt, har i utgangspunktet lavere diversitet i tarmen sammenliknet med friske individer med spesifikt lavere forekomst av Bacteroides-bakterier og Firmicutes-bakterier Lachnospiraceae, samt færre butyratproduserende bakterier. I tillegg har IBD pasienter høyere nivå av proinflammatoriske bakterier som Proteobakteriaer og Actinobakteria (34, 35). I 1989 ble den første fekaltransplantasjonen ved hjelp av klyster rapportert for en pasient med ulceriøs kolitt. Pasienten, som selv var medforfatter på artikkelen, gikk fra alvorlig, kortikosteroidavhengig Ulcerøs kolitt til rask symptomfrihet. Den symptomfrie tilstanden vedvarte i løpet av den 6 måneder lange oppfølgingen (36). I etterkant er en rekke case-studier rapportert og flere systematiske oppsummeringsartikler er blitt publisert (37–39). Andel av de behandlede pasientene som opplevde forbedring i symptomer er noe sprikende. To av oppsummeringsartiklene er kun basert på case-studier. De rapporterer 63 % (37) og 77,8 % (38) suksess av behandlingen mens den tredje, som var basert på 9 kohortstudier, 8 case-studier og 1 RCT, rapporterte noe lavere (45 %) (39). Den sistnevnte artikkelen fant høyere forbedringsprosent blant Morbus Chrons-pasienter (60,5 %) i forhold til pasienter med Ulcerøs kolitt (22 %) og best effekt for de yngste pasientene (7 til 20 år). Til tross for de tilsynelatende gunstige utfallene av fekal transplantasjon for behandling av IBD er det flere problematiske forhold ved studiene som gjør at de mest sannsynlig overestimerer effekten (40). Blant annet var transplantasjonene foretatt på flere ulike måter; via klyster, endoskop eller nasogastrisk sonde, og det var stor heterogenitet i pasientgruppene med hensyn på type IBD. Kriteriene for suksess har heller ikke vært standardisert og dermed ulikt fortolket i de ulike studiene. Publikasjonsbias, det vil si at rapportering av negative funn ikke publiseres i like stor grad, vil muligens kunne forklare den høyere suksessraten for artiklene som kun var basert på case-studier.

Hittil er det svært få kliniske studier som har evaluert effekten av fekal transplantasjon for IBD. Den første RCTen som evaluerte effekten av fekal transplantasjon for behandling av Ulcerøs kolitt fant en moderat effekt av fekal transplantasjon. Klinisk remisjon (normalisering av avføringsfrekvens og stopp i rektal blødning) var signifikant forbedret hos pasienter som hadde mottatt fekal transplantasjon fra frisk donor i forhold placebo-behandlete som ble transplantert med egen avføring. Klinisk respons, definert som en 3 poengsreduksjon i Mayo Clinic Score, ble ikke forbedret signifikant (41). En annen studie fra Kina fant så mye som 86,7 % klinisk forbedring og 76,7 % remisjon hos Morbus Chrons-pasienter som mottok fekal transplantasjon (42). Resultatene fra disse kliniske studiene kan tyde på at sannsynligheten for klinisk forbedring er bedre når transplantasjon foretas tidlig etter symptomstart men dette må verifiseres i større studier. Moayyedi et al (41) diskuterer mangel på standardisering av de ulike protokollene som verserer for fekal transplantasjon. Noen protokoller anbefaler frosne donorprøver mens andre anbefaler ferske. Antibiotikakur eller tarmskylling i forkant anbefales også i noen protokoller for å forenkle etableringen av ny mikroflora. Selv om dette er teoretisk logisk er tilnærmingen ikke vitenskapelig forankret og det gjenstår å vise om strategien øker suksess-ratioen av fekal transplantasjon for IBD. Både antibiotika og tarmskylling kan i seg selv føre til langvarige påvirkninger av tarmflora (41).

Siden det synes å være mulig å restaurere bakteriefloraen i en syk tarm, vil det også være mulig at fekal transplantasjon kan påvirke sykdomsrisiko forbundet med livsstil, for eksempel fedme? En oppsiktsvekkende studie fra 2013 undersøkte dette. De rekrutterte fire tvillingpar hvor den ene tvillingen var overvektig mens den andre hadde normal vekt. Fekal transplantasjon fra den fete tvillingen til mikrobefrie normalvektige mus førte til at de i utgangspunktet normalvektige musene ble fete, mens transplantasjon fra den slanke tvillingen ikke førte til fedme (43, 44). Fete mus (med «fet» mikrobiota) ble deretter satt sammen med en normalvektig (med «normal» mikroflora) mus i samme bur. Etter å ha levd i samme bur en stund gikk de fete musene over til å få en mer normal kroppsvekt. Det viste seg at mikrofloraen i tarmen på de fete musene hadde forandret seg til å likne den normalvektige musen. Denne utvekslingen av mikroflora så imidlertid ut til å være avhengig av kostholdet, det vil si at musene måtte få mat som var rik på fiber og lav på fett. Hvis dyrene fikk lav-fiber/høy-fett mat fant de ikke denne effekten. Forfatterne konkluderte dermed med at det også er mulig å forandre interaksjoner mellom mikroflora og kosthold ved å utsettes for mikroflora i miljøet, inkludert utveksling mellom individer. Den mekanistiske forklaringen på dette kan være at tarmbakteriene påvirker reguleringen av sult og metthetsfølelse ved at de kan produsere hormoner som likner de som kroppen selv produserer.

Linken mellom fedme og mikroflora har også blitt vist hos mennesker. Det er påvist lavere nivåer av bakterietypen Bacteroidetes og høyere nivåer av Firmicutes hos sykelig overvektige forsøkspersoner sammenliknet med slanke forsøkspersoner (7). Det er også vist at slanking av overvektige mennesker fører til en «fordelaktig» mikrobiota med høyere nivåer av Bacteriodetes-bakterier (45). I en dobbelt blindet klinisk studie fant man også at overføring av mikrobiota fra friske, slanke individer til overvektige i løpet av 6 uker forbedret insulinsensitivitet samtidig som diversiteten i mikrofloraen og butyratproduksjonen økte (46). Om fekal transplantasjon kan brukes for å normalisere vekt hos overvektige mennesker vet man fortsatt ikke, men flere studier er underveis (www.clinicaltrials.gov).

Fordi dysregulering av mikrobiota er assosiert med en rekke ikke-tarm assosierte sykdommer som diabetes (47), leversykdommer (48), allergier(49), HIV (50) og ikke minst overvekt (7) er det teoretisk mulig at fekal transplantasjon kan brukes ved behandling av disse tilstandene. I de senere årene har det dukket opp kommersielle aktører som produserer «transplantasjon-avføringspiller» som kan inntas oralt. Når det gjelder å få restaurert bakteriefloraen hos et individ vil det nødvendigvis ikke være så enkelt at den samme «bakteriekuren» vil fungere for alle. Dessuten er en svart-hvit klassifisering av de ulike kommersielle typene bakterier som enten «fordelaktige» eller «ufordelaktige» spekulativ fordi dette er basert på få studier og få helseaspekter. Det er også viktig å være klar over at avføring inneholder andre aktive mikroorganismer i tillegg til bakterier. Virus og eukaryotiske organismer som sopp, amøber og parasitter vil også følge med i en fekal transplantasjon og innebærer således risiko for komplikasjoner. Kunnskapen knyttet til helseeffektene av disse organismene er begrenset (51).

Et framtidsscenario kan være at bakteriekulturer skreddersys til hver enkelt pasient basert på en avføringsprøve. For slike individtilpassede strategier vil det imidlertid være avgjørende å kartlegge mikrofloraens sammensetning for å finne ut hvilke bakteriearter som er i overtall og hvilke som eventuelt mangler. Vi trenger også bedre kunnskap for å kunne definere hva som er en «frisk» mikrobiota og kategorisere bakterier som «fordelaktige» og «ufordelaktige» for ulike sykdomstilstander. En begrensing ved bruk av avføringsprøver for å studere sammenhengen mellom mikrobiota og helse eller for å skreddersy en bakteriekultur er at bakteriepopulasjonen som er assosiert med tarmveggen som regel er helt annerledes enn den man finner igjen i avføringen. Det er fremdeles uklart om det er tarmveggbakteriene eller bakteriene som er assosiert med tarminnholdet som er viktigst i etiologien eller progresjonen av tarmsykdommer. For å studere betydning av bakterier som er assosiert med tarmveggen er det nødvendig å kartlegge biopsiprøver (52). I tillegg må vi få bedre innsikt i det intrikate samspillet mellom kosthold og mikroflora, med dens mange aktører, og samspillet med kroppens egne responser (blant annet immunforsvaret) slik at eventuelt tilførte bakterier inngår i det gjensidige nytte-samspillet mellom mikrofloraen og kroppens egne celler.

Konklusjon

Selv om det er mye som fortsatt er usikkert, er det sannsynlig at en kombinert bruk av de gjennomgåtte strategier kommer til å spille en viktig klinisk rolle i fremtiden for restaurering av en «syk» mikroflora med mer spesifikk bruk av antibiotika. På den måten vil de ufordelaktige bakteriene bli identifisert og fjernet mens man samtidig legger forholdene til rette for «fordelaktige» bakterier.

Referanser

  1. Modi SR, Collins JJ, Relman DA. Antibiotics and the gut microbiota. The Journal of clinical investigation. 2014;124(10):4212–8.

  2. Buffie CG, Pamer EG. Microbiota-mediated colonization resistance against intestinal pathogens. Nature reviews Immunology. 2013;13(11):790–801.

  3. Bøhn SK. Farmen i tarmen del 1. Norsk Tidsskrift for Ernæring. 2017;1:14–22.

  4. Gibson GR, Roberfroid MB. Dietary modulation of the human colonic microbiota: introducing the concept of prebiotics. J Nutr. 1995;125(6):1401–12.

  5. Walker AW, Ince J, Duncan SH, Webster LM, Holtrop G, Ze X, et al. Dominant and diet-responsive groups of bacteria within the human colonic microbiota. Isme j. 2011;5(2):220–30.

  6. O’Keefe SJ, Li JV, Lahti L, Ou J, Carbonero F, Mohammed K, et al. Fat, fibre and cancer risk in African Americans and rural Africans. Nature communications. 2015;6:6342.

  7. Ley RE, Turnbaugh PJ, Klein S, Gordon JI. Microbial ecology: human gut microbes associated with obesity. Nature. 2006;444(7122):1022–3.

  8. Duncan SH, Belenguer A, Holtrop G, Johnstone AM, Flint HJ, Lobley GE. Reduced dietary intake of carbohydrates by obese subjects results in decreased concentrations of butyrate and butyrate-producing bacteria in feces. Applied and environmental microbiology. 2007;73(4):1073–8.

  9. Sonnenburg ED, Smits SA, Tikhonov M, Higginbottom SK, Wingreen NS, Sonnenburg JL. Diet-induced extinctions in the gut microbiota compound over generations. Nature. 2016;529(7585):212–5.

  10. WHO. Health and Nutritional Properties of Probiotics in Food including Powder Milk with Live Lactic Acid Bacteria, Report of a Joint FAO/WHO Expert Consultation on Evaluation of Health and Nutritional Properties of Probiotics in Food including Powder Milk with Live Lactic Acid Bacteria, Cordoba, Argentina,. 2001(October 1–4).

  11. Birkeland SE, Tandberg A. [Can probiotic lactic acid bacteria promote health?]. Tidsskrift for den Norske laegeforening : tidsskrift for praktisk medicin, ny raekke. 2003;123(12):1701–3.

  12. Sanders ME, Akkermans LM, Haller D, Hammerman C, Heimbach J, Hormannsperger G, et al. Safety assessment of probiotics for human use. Gut microbes. 2010;1(3):164–85.

  13. Hod K, Ringel Y. Probiotics in functional bowel disorders. Best practice & research Clinical gastroenterology. 2016;30(1):89–97.

  14. Marchesi JR, Adams DH, Fava F, Hermes GD, Hirschfield GM, Hold G, et al. The gut microbiota and host health: a new clinical frontier. Gut. 2016;65(2):330–9.

  15. Butterworth AD, Thomas AG, Akobeng AK. Probiotics for induction of remission in Crohn’s disease. The Cochrane database of systematic reviews. 2008(3):Cd006634.

  16. Doherty GA, Bennett GC, Cheifetz AS, Moss AC. Meta-analysis: targeting the intestinal microbiota in prophylaxis for post-operative Crohn’s disease. Alimentary pharmacology & therapeutics. 2010;31(8):802–9.

  17. Matthes H, Krummenerl T, Giensch M, Wolff C, Schulze J. Clinical trial: probiotic treatment of acute distal ulcerative colitis with rectally administered Escherichia coli Nissle 1917 (EcN). BMC complementary and alternative medicine. 2010;10:13.

  18. Naidoo K, Gordon M, Fagbemi AO, Thomas AG, Akobeng AK. Probiotics for maintenance of remission in ulcerative colitis. The Cochrane database of systematic reviews. 2011(12):Cd007443.

  19. Mallon P, McKay D, Kirk S, Gardiner K. Probiotics for induction of remission in ulcerative colitis. The Cochrane database of systematic reviews. 2007(4):Cd005573.

  20. Holubar SD, Cima RR, Sandborn WJ, Pardi DS. Treatment and prevention of pouchitis after ileal pouch-anal anastomosis for chronic ulcerative colitis. The Cochrane database of systematic reviews. 2010(6):Cd001176.

  21. Allen SJ, Martinez EG, Gregorio GV, Dans LF. Probiotics for treating acute infectious diarrhoea. The Cochrane database of systematic reviews. 2010(11):Cd003048.

  22. Levri KM, Ketvertis K, Deramo M, Merenstein JH, D’Amico F. Do probiotics reduce adult lactose intolerance? A systematic review. The Journal of family practice. 2005;54(7):613–20.

  23. Jones ML, Martoni CJ, Prakash S. Cholesterol lowering and inhibition of sterol absorption by Lactobacillus reuteri NCIMB 30242: a randomized controlled trial. Eur J Clin Nutr. 2012;66(11):1234–41.

  24. Lunia MK, Sharma BC, Sharma P, Sachdeva S, Srivastava S. Probiotics prevent hepatic encephalopathy in patients with cirrhosis: a randomized controlled trial. Clinical gastroenterology and hepatology : the official clinical practice journal of the American Gastroenterological Association. 2014;12(6):1003–8.e1.

  25. Pratap Mouli V, Benjamin J, Bhushan Singh M, Mani K, Garg SK, Saraya A, et al. Effect of probiotic VSL#3 in the treatment of minimal hepatic encephalopathy: A non-inferiority randomized controlled trial. Hepatology research : the official journal of the Japan Society of Hepatology. 2015;45(8):880–9.

  26. Besselink MG, van Santvoort HC, Buskens E, Boermeester MA, van Goor H, Timmerman HM, et al. Probiotic prophylaxis in predicted severe acute pancreatitis: a randomised, double-blind, placebo-controlled trial. Lancet. 2008;371(9613):651–9.

  27. Hardy H, Harris J, Lyon E, Beal J, Foey AD. Probiotics, prebiotics and immunomodulation of gut mucosal defences: homeostasis and immunopathology. Nutrients. 2013;5(6):1869–912.

  28. Rousseaux C, Thuru X, Gelot A, Barnich N, Neut C, Dubuquoy L, et al. Lactobacillus acidophilus modulates intestinal pain and induces opioid and cannabinoid receptors. Nature medicine. 2007;13(1):35–7.

  29. Jijon H, Backer J, Diaz H, Yeung H, Thiel D, McKaigney C, et al. DNA from probiotic bacteria modulates murine and human epithelial and immune function. Gastroenterology. 2004;126(5):1358–73.

  30. Kjeken R. Tarm til tarm metoden. Genialt, Tidsskrift fra bioteknologirådet. 2014;23 årgang(2):8–10.

  31. Lund-Tonnesen S, Berstad A, Schreiner A, Midtvedt T. [Clostridium difficile-associated diarrhea treated with homologous feces]. Tidsskrift for den Norske laegeforening : tidsskrift for praktisk medicin, ny raekke. 1998;118(7):1027–30.

  32. Young VB. Therapeutic manipulation of the microbiota: past, present, and considerations for the future. Clinical Microbiology and Infection. 2016;22(11):905–9.

  33. van Nood E, Vrieze A, Nieuwdorp M, Fuentes S, Zoetendal EG, de Vos WM, et al. Duodenal infusion of donor feces for recurrent Clostridium difficile. The New England journal of medicine. 2013;368(5):407–15.

  34. Manichanh C, Borruel N, Casellas F, Guarner F. The gut microbiota in IBD. Nat Rev Gastroenterol Hepatol. 2012;9(10):599–608.

  35. Frank DN, St Amand AL, Feldman RA, Boedeker EC, Harpaz N, Pace NR. Molecular-phylogenetic characterization of microbial community imbalances in human inflammatory bowel diseases. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 2007;104(34):13780–5.

  36. Bennet JD, Brinkman M. Treatment of ulcerative colitis by implantation of normal colonic flora. Lancet. 1989;1(8630):164.

  37. Anderson JL, Edney RJ, Whelan K. Systematic review: faecal microbiota transplantation in the management of inflammatory bowel disease. Alimentary pharmacology & therapeutics. 2012;36(6):503–16.

  38. Sha S, Liang J, Chen M, Xu B, Liang C, Wei N, et al. Systematic review: faecal microbiota transplantation therapy for digestive and nondigestive disorders in adults and children. Alimentary pharmacology & therapeutics. 2014;39(10):1003–32.

  39. Colman RJ, Rubin DT. Fecal microbiota transplantation as therapy for inflammatory bowel disease: a systematic review and meta-analysis. Journal of Crohn’s & colitis. 2014;8(12):1569–81.

  40. Choi HH, Cho YS. Fecal Microbiota Transplantation: Current Applications, Effectiveness, and Future Perspectives. Clinical endoscopy. 2016;49(3):257–65.

  41. Moayyedi P, Surette MG, Kim PT, Libertucci J, Wolfe M, Onischi C, et al. Fecal Microbiota Transplantation Induces Remission in Patients With Active Ulcerative Colitis in a Randomized Controlled Trial. Gastroenterology. 2015;149(1):102–9.e6.

  42. Cui B, Feng Q, Wang H, Wang M, Peng Z, Li P, et al. Fecal microbiota transplantation through mid-gut for refractory Crohn’s disease: safety, feasibility, and efficacy trial results. Journal of gastroenterology and hepatology. 2015;30(1):51–8.

  43. Ridaura VK, Faith JJ, Rey FE, Cheng J, Duncan AE, Kau AL, et al. Gut microbiota from twins discordant for obesity modulate metabolism in mice. Science. 2013;341(6150):1241214.

  44. Walker AW, Parkhill J. Microbiology. Fighting obesity with bacteria. Science. 2013;341(6150):1069–70.

  45. Ley RE, Backhed F, Turnbaugh P, Lozupone CA, Knight RD, Gordon JI. Obesity alters gut microbial ecology. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 2005;102(31):11070–5.

  46. Vrieze A, Van Nood E, Holleman F, Salojarvi J, Kootte RS, Bartelsman JF, et al. Transfer of intestinal microbiota from lean donors increases insulin sensitivity in individuals with metabolic syndrome. Gastroenterology. 2012;143(4):913–6.e7.

  47. Qin J, Li Y, Cai Z, Li S, Zhu J, Zhang F, et al. A metagenome-wide association study of gut microbiota in type 2 diabetes. Nature. 2012;490(7418):55–60.

  48. Son G, Kremer M, Hines IN. Contribution of gut bacteria to liver pathobiology. Gastroenterol Res Pract. 2010;2010.

  49. Plunkett CH, Nagler CR. The Influence of the Microbiome on Allergic Sensitization to Food. J Immunol. 2017;198(2):581–9.

  50. Nowak P, Troseid M, Avershina E, Barqasho B, Neogi U, Holm K, et al. Gut microbiota diversity predicts immune status in HIV-1 infection. AIDS (London, England). 2015;29(18):2409–18.

  51. Parfrey LW, Walters WA, Knight R. Microbial eukaryotes in the human microbiome: ecology, evolution, and future directions. Frontiers in microbiology. 2011;2:153.

  52. Eckburg PB, Relman DA. The role of microbes in Crohn’s disease. Clinical infectious diseases : an official publication of the Infectious Diseases Society of America. 2007;44(2):256–62.